敵の襲撃を振り切り、ミアレシティに到着したエックスたち。だが安心する間もなく事件は拡大していく! 敵の名はフレア団! 巨悪に対抗するようにエックスのもとには続々とメガシンカポケモンが集結する!! 待望の第2巻!!