水中都市ジュラの旧態である夢の島特別保護区は、メラの引き起こしたアクシデントにより災害に見舞われ、地下都市への浸水はシティを刻一刻と没しつつあった…。一方、要注意人物としてマークされ始めたメイムとアトム。大きな犠牲の上に成立する、縮小された理想都市、ジュラ。そのジュラの真実を知ったメイムとアトムがとった行動とは!?