外国人テロリスト討伐の忍務を果たしたことで、講談高校への転入試験を受けることができた九郎。すでに校内に潜入済みの下忍たちの協力と、留年のかかった同級生・野口を巻き込んだかいあって、ようやく彼の潜入忍務がスタート! しかし、転入早々に、次々と姿を現す「敵」の忍者たち。彼らの目的は? そしてその背後にいる者は? 九郎のハイスクールライフは波乱必至!!